Phred, Phrap, Consed 動いたよ！

ぅおっしゃぁぁあー！！！
だいぶうにxに苦しめられた・・・
でももうきっとたぶん大丈夫！

参考にした所の列挙。

• http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/using_consed.html
• http://embryogenomics.net/mt3_archives/2005/04/phredphrapconse_1.html
• phredによるベースコール - Life is fifthdimension.
• http://homepage.mac.com/dnagase/macosx/perlcgi.html

後学のために苦しめられたこと。

• PATH はファイルじゃなくてフォルダに通す
• perl を使えるようにして script のアクセス権を755に
• 読み込ませるファイルは全部アクセス権をチェック

最初のやつに一番時間かかってる俺アホすぎ・・・
最後のやつは、Phrapの中に入ってる vector.seq にしてやられた。
なんでふつーの読み込みファイルのくせにアクセス権が「-rw-r-----」なんだよ、読ませてくれよ＿|￣|◯
perl 本体を弄らないかんのかとびくびくしてしまった。

あとはターミナルとX11で再起動のたんびに環境変数いちいち設定しないといかんのをなんとかしないと。
・・・誰か教えて＞偉い人。。。

＜追記＞
ターミナルの PATH は /etc/profile の最終行に書き足してOK。
X11 の PATH は Property List Editor で作った environment.plist を ~/.MacOSXに放り込んで login しなおしたらできた。
やれやれだ・・・