これでいいのか?
結局もっとも基本となるtrnL-trnFでのDNA確認作業を行っている。これでバンドが出ればあきらめてこのまま実験を続ける。でなかったら…最悪サンプリングからやり直し?これは最悪すぎる。
状況を整理しよう
- 最初の抽出後のDNAはtrnL-trnFでDNAを確認済み
- スクリーニングで使用したDNA(上流3、下流5)ではバンドあり
- 分光光度計で濃度を均一化(最も濃度の低いものにあわせる)
- 下流のものだけバンドが全くでない(スクリーニングに使用したものは使っていない)
- PCRの設定はスクリーニングの時と変えていない
- 上流と下流のものはいつも同時にPCRにかけている
- PCR mixを入れる順番を上流→下流から下流→上流と変えても結果は変わらず
もし今から見るtrnL-trnFでバンドが出なかったらDNAが無いということ。つまりサンプリングからやり直しということになる。でも初期の調査時とスクリーニングの際にはDNAを確認しているので、スクリーニングからそんなに時間も経ってないことからDNAがまったくないとは考えにくい。
もしtrnL-trnFでバンドが出たら単に下流には本当にバンドがでないのか、もしかしたらプライマーの番号を間違えてメモっている可能せいもある。
どうなるか…